肺炎衣原体(TWAR)是在临床显示疾病谱中的一种新出现的有传染性的因子，包括上和下呼吸道感染。衣原体肺炎感染一般是温和的、隐性的，所以很难诊断。然而，肺炎衣原体感染可能会引起一些严重的疾病如：咽炎、窦炎、急性支气管炎和社区获得性肺炎。如果不认真检测和治疗，此感染可能会导致长期持久的疾病。最新的数据显示了肺炎衣原体和慢性疾病之间的联系。小孩感染肺炎衣原体的几率比较低，到中年时感染率急剧增高，到老年时持续增高（>50%）。

样本的收集是困难的并且不易接近被感染的位置严重影响直接检测方法的有效性。因此，在直接检测方法不是有效的情况下，血清学的检测的常规使用和作为对称移位的鉴别和慢性衣原体感染诊断的非入侵性工具。另外，特定的抗体类型的出现也能显示出疾病的状态。早期衣原体感染的特征是在2－4周内出现IgM抗体，随后6－8个星期内才有IgA和IgG反应。在急性感染肺炎衣原体后，IgM抗体在2－6个月内会消失而IgG抗体滴度会慢慢地减少，反而， IgA抗体就很快就消失了。当怀疑衣原体初步感染时，IgM的检测有高度的诊断意义。然而，重复感染和慢性感染时IgM水平是比较低的，所以如果没有检测到IgM并不排除正在感染的可能性。对于重复感染，相对于IgG和IgA水平升高较快，通常在1到2周内。

IgA抗体显示一个可靠的原发性、慢性和再感染的免疫学清学标记物。这些抗体通常在治疗和根除衣原体感染之后下降较快并回复到基线水平。IgA抗体滴度的维持一般认为可提示为慢性的衣原体感染。IgG抗体维持长时间并下降较慢。因此，IgG抗体的出现是一个在未治愈衣原体感染的主要标志物。可是IgG的四倍升高或高水平提示正进行慢性的衣原体感染。