Super BSA—快速基因定位-分析方法-资讯-生物在线

Super BSA—快速基因定位

作者:北京百迈客生物科技有限公司 2012-08-16T00:00 (访问量:19227)

        基因定位最新技术聚焦:炙手可热的高通量测序技术与传统的Bulked Segregant Analysis会擦出怎样的火花?

      1991年,R W Michelmore等首次使用Bulked Segregant Analysis(BSA)法筛选到与抗病相关的分子标记,从此,研究者又多了一个功能基因挖掘的有力工具。随着高通量测序技术的普及,这种利用极端性状个体DNA混池,进行功能基因挖掘的方法又迎来了新的发展。近几年来,已有多篇相关文章发表在《Nature》、《Nature Genetics》、《Genome Research》等高水平学术期刊,BSA与高通量测序技术的结合昭示着一个充满勃勃生机的春天。

可是,为什么新技术至今只在酵母、拟南芥中应用?

酵母基因组仅有12Mb,拟南芥基因组也只有125Mb,对极端性状个体混池进行高深度测序(>30×),总数据量并不大,相应成本也较低。但对于其他物种而言——如水稻(430Mb)、大豆(1.1Gb)、玉米(2.3Gb)等,如果采用相同的方法,成本将提高数倍至数十倍,令广大研究者无法承受。有没有一种兼顾成本和效果的好方法帮助研究者进行精细定位、发表高水平论文呢?

Super BSA——基于简化基因组深度测序技术SLAF-seq的BSA

Super BSA利用SLAF-seq技术对基因组进行有效简化,选择均匀分布在整个基因组、且避开重复序列区域的特异片段进行高深度测序,通过比较SNP标记的不同基因型在两个混池中出现频率的差异,确定与性状紧密相关的分子标记,最终达到基因定位的目的。

Super BSA具有巨大优势:1.分子标记密度高,可实现10000+SNP扫描;2.成本低,同样的投入,Super BSA可以完成更大混池的测序(混池规模越大,重组事件越多,越有利于基因的精细定位);3.准确性高,根据混池规模,测序深度也不断加大,保证了基因定位的功效和准确性。

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